合并后的聯電，產值僅次于英特爾和臺積電，成為世界第三大半導體公司，市值則居全球產業第四，并刺激臺積電再次跟隨，“強行”并購了世大積體電路公司，以應對聯電的氣勢洶洶，確保自己的龍頭地位。

除了在規模和產能上追趕，臺聯電的技術也突飛猛進。第一家導入銅制程產出晶圓、生產12英寸晶圓、產出業界第一個65納米制程芯片，都是它的業績。

徹底轉型、浴火重生后的強勢表現，也令曹興誠名利雙收。

2001年，曹興誠被評為未來最有可能引領臺灣科技的三人之一，臺聯電則被認為是最值得長期投資的企業。

但不久，臺聯電又遭遇了兩個致命的打擊。

2000年前，臺聯電和臺積電的差距越來越小，但2000年后，臺積電不僅穩固了優勢，還將差距越拉越大，其核心，便在于是年的0.13微米制程技術。

0.18微米制程時代，聯電曾領先臺積電，到了0.13微米時期，為了穩固優勢，臺聯電選擇與IBM、英飛凌共同開發。但合作的結果相當不順利，三方各有算盤，很難團結到一起，項目最終宣告失敗。

結束合作后，臺聯電決定自行研發，但科技行業里，時間是最寶貴的優勢，更何況是與“摩爾定律”賽跑的半導體。就在臺聯電困于0.13微米制程的時間里，臺積電超了上來，并徹底甩開臺聯電，臺聯電從此再沒扳回一城。

而讓臺聯電再也沒有勝過的，卻不是技術本身。

2000年，被臺積電收購的“世大”創始人張汝京前往大陸，創辦中芯國際，復制了臺灣晶圓代工模式，大陸地區由此誕生了第一家專業的半導體代工企業。

海峽產業格局的突變令曹興誠和張忠謀不安，兩人都對大陸的發展前景高度看好，但行動卻大相徑庭。

彼時，臺灣當局對于晶圓廠嚴防死打，嚴令禁止臺資投資大陸。張忠謀選擇了按兵不動，等到“法令”允許，才嘗試赴上海松江投資設廠，但曹興誠卻“頂風作案”，迫不及待地前往大陸創立了蘇州和艦科技。

曹興誠非常崇拜鄭和七下西洋的壯舉，和艦科技的名稱由此而來，在設計上，他也專門提出要求，將廠區的建筑打造成了一艘即將要啟航的戰船。

但這艘野心勃勃的戰船，給曹興誠帶來了大麻煩，并最終導致臺聯電一蹶不振。

強行“登陸”，更讓臺聯電遭到***當局的嚴厲打擊，并引發“檢調”大動作、超頻率搜索臺聯電，就連高層人員的私人住宅都遭到多次突擊檢查。

更讓當局震怒的是，曹興誠絲毫沒有“悔改”的意愿，他多次在公開場合諷刺***當局，并且屢次在報紙打廣告抨擊當局的作為。他半譏半諷地說：“如果早上搭飛機去上海，傍晚再坐飛機回臺灣，這樣就不算出走大陸了吧。”

強硬的態度最終給他帶來了法院的起訴以及綿延不絕的“政治”麻煩，臺聯電在此期間所遭遇的經營危機與考驗，自然也是不言而喻。

因為訴訟頻頻，2005年6月，曹興誠辭去了“國策顧問”的職位，伴隨事件愈演愈烈，為了不連累聯電，2006年，曹興誠被迫辭去聯電董事長的職務，進入退休狀態。

1年后，臺灣新竹地方法院裁定曹興誠無罪，但他帶領臺聯電超越臺積電的夢想已然破滅，臺聯電也隨著靈魂人物的離開而漸行漸遠。