一、 軟件安裝
1． 首先，安裝NIOS II 開發包。采用虛擬光驅軟件，如DAEMON 等將NIOS II V1.0 BUILD316E.ISO 文件映射到虛擬光驅上；
點擊光驅圖標，會自動運行安裝程序
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選擇第一個選項，Install；
選擇 Next 按鈕；
詢問是否接收協議的時候，選擇 Yes，下一個也按Yes，繼續；
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如果是初學者，最后一個選項可以不選， Examples 可以選擇自己熟悉的語言，其他選項建議都選上；
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選擇 QuartusII 的安裝目錄，如果不是C：盤，那么從Browse 選項中指定。如e:alterakits ios2；
接下來是選擇一個程序組，一般情況按 Next 就可以了；
開始安裝，大約需要幾分鐘時間拷貝文件；
點擊 Finish，彈出一個IE 格式的說明文檔，建議大家仔細看看Example Designs 選項，可以對NIOS II CPU 的配置和例程有更多的了解，對于以后的調試會很有幫助；
這樣，開發軟件就安裝完畢了，趕快運行我們的第一個程序吧。

二、 Hello LED 程序調試
1． 首先，備份Example 目錄。因為我們要對目錄中的文件進行修改，所以還是保留一份更好一些，一旦改壞了，還可以回復。進入目錄 E:alterakits ios2（我的QuartusII 安裝在E：盤了），備份example 目錄，命名為example_old。
2． 進入 E:alterakits ios2examplesverilog iosII_cyclone_1c20，刪除low_cost 目錄，同時將我們提供的low_cost.rar 文件拷貝過來，同時加壓縮，解出來一個同名的low_cost 目錄。
3． 啟動 QuartusII 4.1；選擇File－》Open Project，或者Cntl＋J，打開low cost 項目。
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打開工程后，可以看到一個命名為 low_cost_1c20 的系統。通過View 菜單的最后一個選項可以選擇是否顯示管腳分配信息。
選擇合適的芯片型號（EFA-CY1C6 為EP1C6Q240C8，EFA-CY1C6為EP1C12Q240C8）：
A．選擇菜單的 Assignments 菜單，然后選擇第一項：Device。
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B．

在Available device 中選擇板上芯片的型號
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出現以上對話框，一定要選擇否，否則管腳分配就會丟失掉。
C．設置其他無用管腳。
首先選擇Device & Pin Options,看到以下畫面。
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打開Unused Pins 標簽，
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選擇第一項，所有無用的管腳置為輸入狀態，置為三態。
經過以上處理，就可以編譯和下載程序了。
編譯項目
從 Processing 菜單選Start compilation,或者Cntl＋L，開始編譯。出現警告信息可以不管，等待編譯結束。

配置 FPGA
從Tools 菜單選擇Programmer，選擇JTAG 模式和對應的sof 文件，點擊Start，
開始下載，如果成功，那么開始進入軟件調試環境。

啟動 NIOS II IDE 環境
關閉 Programmer，打開頂層文件。快捷方法就是點圖標
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雙擊 low_cost_1C20 系統模塊，進入SOPC Builder。
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選擇 Run Nios II IDE，進入IDE 開發環境。

建立軟件工程文件
選擇 File－》New －》Project 選項。
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選擇 C/C++ Application, 點擊Next。
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從模板中選擇 Hello LED，其他設置按默認設置，點擊Finish。

編譯工程文件
選中 hello_led_0，按右鍵，選擇 Build Project
?，
結束后，右下方的控制臺會提示編譯結束。

運行程序
從菜單中選擇 Run－》Run…,彈出對話框
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點擊 New，會自動生成一個系統配置。
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點擊 Apply，然后點擊Run。
開始下載程序到 SDRAM，并運行起來。
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觀察板上的 4 個LED，大概沒隔4 秒，LED 會輪流閃爍一次。
恭喜您，第一個 C 程序在NIOSII CPU 上已經運行起來了。
如果感興趣，可以修改源文件，然后在編譯，運行，看看 LED 有什么變化
以下是一個讓 LED 閃爍更頻繁的例子：
int main (void) __attribute__ ((weak, alias ("alt_main")));
/*
* Use alt_main as entry point for this free-standing application
*/
int alt_main (void)
{
alt_u8 led = 0x2;
alt_u8 dir = 0;
volatile int i;
/*
* Infinitly shift a variable with one bit set back and forth, and write
* it to the LED PIO. Software loop provides delay element.
*/
while (1)
{
if (led & 0x09) // 我們板上只有4個LED，所以當led的Bit3和Bit0有效的時候，
//就改變方向；
{
dir = (dir ^ 0x1);
}
if (dir)
{
led = led >> 1;
}
else
{
led = led << 1;
}
IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(LED_PIO_BASE, led);
/*
* The delay element in this design has been written as a while loop
* to avoid confusing the software debugger. A tight, one line software
* delay loop such as:
* for(i=0; i<200000; i++);
* can cause problems when it is stepped through using a software
debugger.
* The while loop below produces the same behavior as the for loop shown
* above, but without causing potential debugger problems.
*/
i = 0;
while (i<100000) //加快閃爍間隔
i++;
}
return 0;
}