雖然同為電源，但是原理是不一樣的。12V電源輸出就是12V直流或者交流。但是12V充電器輸出電壓未必是12V。例如為汽車摩托車鉛酸蓄電池充電的充電器，其輸出電壓就要高于12V，如果輸出電壓不比電瓶電壓高，沒有壓差，電瓶是不能充電的。所以12V蓄電池充電器的輸出電壓可能在13.8-14.5V之間。

而12V鋰電池專用的充電器輸出電壓也不是12V的，12V鋰電池多數是三串而來，三塊鋰電池串聯成一個電池組。鋰電池充電限制電壓為4.2V，這種三串的鋰電池充電器輸出電壓為12.6V。這就是生活中兩種常見的12V充電器。雖然12V充電器在一定的條件下可以代替12V電源使用，但是12V電源確不能代替充電器使用。這也是兩者不同的地方。

還有一個不同點就是兩者設計原理不一樣，充電器比電源多了控制電路。除了鐵芯充電器之外，大多數智能充電器都帶有恒流恒壓功能。例如鋰電池充電，基本上前期是恒流，不同容量電池可以設定不同電流，恒流的原理就是通過不斷的改變電池兩端電壓來實現的，當電池電壓不斷上升后，壓差會逐步減小，電流也會降低，當電流數值非常小的時候開始進入恒壓充電階段。如果沒有恒流電路，那么初期充電時電壓壓差過大那么電流也會急劇升高，電源有過載的風險電池也容易過充爆照、起火。

鉛酸電池皮實耐用，充電電流無需做到鋰電池精確控制，只要符合標準不過流即可。所以有些充電器不具備恒流恒壓功能，例如簡單的變壓器式充電器。電流大小通過調節初級線圈抽頭來實現，比較簡單。