為應對新冠病毒疫情,NVIDIA宣布,將向全球所有COVID-19新型冠狀病毒研究人員免費提供90天的Parabricks軟件使用權。
NVIDIA Parabricks軟件基于著名的Genome Analysis Toolkit工具包,可通過GPU加速計算,將序列數據分析的速度提高50倍。
目前,各地科研人員正在對新狀病毒和COVID-19感染者的基因組進行測序,以了解疾病的傳播方式并確定易感染人群,但分析基因組序列需要耗費大量的時間和計算力。
Parabricks團隊去年12月剛剛加入NVIDIA,他們的軟件可以在一臺服務器上快速分析一個人的全部基因組變異,并且將分析時間從傳統的幾天,縮短至一個小時以內。
鑒于此次疫情史無前例的傳播速度,如此巨大的提速無疑將對了解病毒進化、疫苗開發帶來巨大的推動作用。
NVIDIA也在聯系云服務供應商和超級計算中心,爭取提供更多的計算資源和Parabricks訪問途徑。
不過,只有使用NVIDIA GPU,才能申請并獲得Parabricks軟件的使用權。
另外,使用Oxford Nanopore long-read數據的研究人員,可以GitHub上找到GPU加速工具存儲庫,以下應用也已內置NVIDIA GPU加速功能:Medaka、Racon、Raven、 Reticulatus、Unicycler。
責任編輯:wv
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