Nanodcal是一款基于非平衡態格林函數-密度泛函理論（NEGF - DFT）的第一性原理計算軟件，主要用于模擬器件材料中的非線性、非平衡的量子輸運過程，是目前國內擁有自主知識產權的基于第一性原理的輸運軟件?？深A測材料的電流 - 電壓特性、電子透射幾率等眾多輸運性質。

迄今為止，Nanodcal 已成功應用于1維、2維、3維材料物性、分子電子器件、自旋電子器件、光電流器件、半導體電子器件設計等重要研究課題中，并將逐步推廣到更廣闊的電子輸運性質研究的領域。

本期將給大家介紹Nanodcal分子電子學3.2.-3.2.1.1的內容。

3.2. Al-C9H5NS2-Al分子器件輸運

本部分是一個分子結的輸運計算，左右電極都是Al納米線，中心散射區包含緩沖層和C9H5NS2分子。當C9H5NS2分子的N原子附近放置一個H+或K+，體系的Transmission和I-V曲線特性發生了明顯的變化[2]。據此現象，我們認為Al-C9H5NS2-Al可以作為一個很好的單分子電子傳感器，用來區分正一價的陽離子。

3.2.1 Device Studio建模

我們以control體系（只包含C9H5NS2分子）為例，簡單介紹了Al-C9H5NS2-Al體系的搭建過程。對于輸運體系計算所需要的馳豫之后的結構信息將在附錄中給出。

3.2.1. 搭建Al電極

（1）雙擊圖標DeviceStudio快捷方式打開軟件；

（2）選擇Create a new Project—OK—文件名：Al-C9H5NS2-Al，保存類型：ProjectFiles(*.hpf)—保存即可；

（3）從數據庫中導入Al晶體，File—Import，找到Al.hzw并導入；

圖 3-15:

（4）Build——Redefine Crystal，按如下操作將面心立方原胞轉換為晶胞；

圖 3-16:

（5）Build——Redefine Crystal，將晶胞轉換為2*7*2的超胞；

圖 3-17:

（6）點擊3D Viewer下的yx View按鈕，選中并刪除下圖原子；

（7）點擊3D Viewer下的yz View按鈕，選中并刪除下圖原子；

圖 3-19:

（8）繼續刪除下圖中選中的原子；

圖 3-20:

（9）點擊Convert to Molecule將體系變成分子，并用Distance按鈕 測量左右電極的距離；

圖 3-21:

（10）點擊Move Atom，按下圖操作將左右電極的距離變為12.1 ?；

圖 3-22:

圖 3-23:

（11）選中下圖中的原子，可以在Properties欄中看到該原子的位置信息，再點擊Move Atom，選中所有原子進行平移，使得紅框中的原子的坐標變為[0，0，0]；

圖 3-24: