Nanodcal是一款基于非平衡態格林函數-密度泛函理論（NEGF - DFT）的第一性原理計算軟件，主要用于模擬器件材料中的非線性、非平衡的量子輸運過程，是目前國內擁有自主知識產權的基于第一性原理的輸運軟件。可預測材料的電流 - 電壓特性、電子透射幾率等眾多輸運性質。

迄今為止，Nanodcal 已成功應用于1維、2維、3維材料物性、分子電子器件、自旋電子器件、光電流器件、半導體電子器件設計等重要研究課題中，并將逐步推廣到更廣闊的電子輸運性質研究的領域。

本期將給大家介紹Nanodcal材料學與化學 5.5-5.5.3的內容。

5.5. Si(100)表面重構: 用Device Studio進行幾何結構優化

盡管LDA和GGA可能無法在Si（以及大多數其他半導體）中產生合適的帶隙，但是在預測幾何特性時，這些“簡單”的DFT功能非常有能力。在這個簡短的教程中，我們將演示如何使用Device Studio研究Si（100）表面的所謂不對稱二聚體重構。

5.5.1 DeviceStudio構建幾何結構

(1)打開DeviceStudio，新建目錄Si100。

(2)從數據庫中導入，坐標文件Si100.hzw如下：

(3)在Z方向擴抱3倍→選中要刪除的原子delete→加H鈍化→設置Z方向晶格為26?，最終得到如下結構。

Si100處理后的結構圖

(4)建立nanodcal優化計算所需的輸入文件，如下：

Simulator→Nanodcal→Relax→Generatefile。

設置參數，K點改成9 9 1，然后點擊Generatefile。其他參數默認。產生自洽計算的輸入文件scf.input及基組文件H_LDA-DZP.nad，Si_LDA-DZP.nad右擊打開openwith，可查看，如下。

5.5.2 優化計算及本征態計算

連接服務器,在選擇服務器后，選中relax.input右擊run。等待計算完畢后點擊JobManager所示界面中的Action下的下載按鈕下載NanodcalObject.mat、log.tex文件。

5.5.3 結果分析

在計算的log.txt文件中我們得出如下數據：