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用于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和臨床研究的綜合NGS軟件

哲想軟件 ? 來(lái)源:哲想軟件 ? 2023-07-03 16:27 ? 次閱讀

用于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和臨床研究的綜合NGS軟件

LasergeneGenomics 在基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域獨(dú)樹一幟。該軟件由我們革命性且易于使用的組裝程序 SeqManNGen 提供支持,使您能夠在短短幾分鐘內(nèi)設(shè)置復(fù)雜的基因組測(cè)序項(xiàng)目,并自動(dòng)執(zhí)行通常需要在其他軟件包中進(jìn)行大量手動(dòng)干預(yù)的任務(wù)。

直觀的項(xiàng)目設(shè)置和分析,與我們獲得專利的組裝算法相結(jié)合,使您能夠以無(wú)與倫比的輕松和速度組裝和對(duì)齊NGS數(shù)據(jù),以便您可以專注于結(jié)果。不再需要在軟件工具之間切換來(lái)組裝序列、識(shí)別重要變異并確定差異表達(dá)基因。你需要的一切都在這里。

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LasergeneGenomics工作流程

ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析

使用LasergeneGenomics 輕松組裝ChIP-Seq數(shù)據(jù)并執(zhí)行峰檢測(cè),讓您更快地進(jìn)行全面的ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析。

ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析通常是一個(gè)繁瑣的過(guò)程,需要繁瑣的項(xiàng)目設(shè)置和耗時(shí)且復(fù)雜的數(shù)據(jù)操作。LasergeneGenomics 提供易于使用的向?qū)В稍趲追昼妰?nèi)指導(dǎo)您完成項(xiàng)目設(shè)置,讓您可以快速輕松地設(shè)置ChIP-Seq分析項(xiàng)目。該軟件還包括多種不同的可定制選項(xiàng),用于變異檢測(cè)、標(biāo)準(zhǔn)化和峰檢測(cè)。通過(guò)使用輸入模式或使用位置權(quán)重矩陣來(lái)識(shí)別結(jié)合位點(diǎn),從轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇結(jié)合蛋白。在 ChIP-Seq數(shù)據(jù)組裝后,使用實(shí)時(shí)交互式視圖和全面的過(guò)濾工具輕松分析峰值附近的基因。利用基因本體論來(lái)識(shí)別具有特定生物學(xué)功能的基因之間的關(guān)系或確定基因在特定過(guò)程中的相對(duì)重要性。在 GenVisionPro 中可視化峰以解釋基因表達(dá)和調(diào)控,并創(chuàng)建高質(zhì)量、高度可定制的圖像以供發(fā)表。使用 LasergeneGenomics 中的ChIP-Seq分析工具更快地獲得全面的結(jié)果!

臨床研究

使用LasergeneGenomics 人類基因組分析自動(dòng)化流程在幾分鐘內(nèi)建立您的臨床研究項(xiàng)目

近年來(lái),隨著對(duì)三重分析、腫瘤與正常配對(duì)比較和罕見變異研究等工作流程的需求不斷增長(zhǎng),臨床研究軟件變得越來(lái)越廣泛。然而,大多數(shù)用于人類基因組分析的商用軟件需要預(yù)先進(jìn)行大量工作來(lái)準(zhǔn)備組裝和最終分析的項(xiàng)目。LasergeneGenomics 在臨床研究軟件領(lǐng)域脫穎而出,部分原因在于SeqManNGen,這是我們革命性的向?qū)?,使您能夠在短短幾分鐘?nèi)設(shè)置整個(gè)基因組或外顯子組重測(cè)序項(xiàng)目。SeqManNGen 可自動(dòng)執(zhí)行通常需要大量手動(dòng)干預(yù)的任務(wù),包括自動(dòng)組織實(shí)驗(yàn)和重復(fù)、內(nèi)置訪問(wèn)人類和模型生物的多種基因組模板包、自動(dòng)合并BED和VCF文件,以及自動(dòng)檢測(cè)、注釋和分析變體。組裝后,LasergeneGenomics中提供的人類基因組分析工具可以立即開始廣泛的多樣本變異比較,識(shí)別具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的變異,并探索與感興趣的變異交叉的相關(guān)基因。

從頭基因組組裝

使用LasergeneGenomics 輕松、準(zhǔn)確地從頭組裝基因組。

從頭基因組組裝是一種從大量DNA片段構(gòu)建基因組的方法,無(wú)需事先了解這些片段的正確序列或順序。這可能是一個(gè)非常困難的計(jì)算問(wèn)題,并且由于序列量大、重復(fù)區(qū)域的存在以及所需的大量RAM,通常會(huì)出現(xiàn)速度和準(zhǔn)確性問(wèn)題。

LasergeneGenomics 通過(guò)指導(dǎo)您采用各種方法來(lái)滿足您的需求,使您可以輕松地進(jìn)行從頭組裝。在我們革命性的基因組組裝軟件 SeqManNGen的支持下,用戶可以在短短幾分鐘內(nèi)設(shè)置復(fù)雜的測(cè)序項(xiàng)目,其任務(wù)自動(dòng)化功能可以以無(wú)與倫比的輕松和速度促進(jìn)從頭序列組裝,即使在配備適度的計(jì)算機(jī)上也是如此。

除了傳統(tǒng)的從頭工作流程(通常對(duì)配對(duì)或配對(duì)末端數(shù)據(jù)最有用)外,LasergeneGenomics 還提供多種基因組整理工作流程,用于基因組草案的糾錯(cuò)和細(xì)化。我們還提供多種工作流程(目前處于測(cè)試階段),用于從頭組裝和完善來(lái)自OxfordNanopore PacBio的長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序數(shù)據(jù),包括PacBioHifi 讀長(zhǎng)。

無(wú)論您采用何種方法,LasergeneGenomics 都會(huì)創(chuàng)建最準(zhǔn)確、最完整的組裝體,并為您提供每個(gè)完全可編輯組裝體的詳細(xì)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù),以及出色的可視化和組裝后分析工具。

從頭轉(zhuǎn)錄組組裝

使用LasergeneGenomics 中的自動(dòng)化流程簡(jiǎn)化從頭轉(zhuǎn)錄組組裝。

從頭轉(zhuǎn)錄組組裝是非模型生物研究中的一項(xiàng)強(qiáng)大技術(shù),但由于數(shù)據(jù)量巨大以及去除污染物、識(shí)別和注釋轉(zhuǎn)錄本以及使用組裝轉(zhuǎn)錄本時(shí)面臨的常見困難,轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析通常會(huì)帶來(lái)重大挑戰(zhàn)在下游分析中。LasergeneGenomics 的轉(zhuǎn)錄組組裝工具為所有這些問(wèn)題提供了解決方案。我們獲得專利的聚類和組裝算法幾乎可以處理臺(tái)式計(jì)算機(jī)上任何大小的數(shù)據(jù)集,從而無(wú)需超級(jí)計(jì)算集群。LasergeneGenomics 自動(dòng)去除最常見的接頭以及任何用戶指定的污染物序列,并提供對(duì)我們專有的轉(zhuǎn)錄本注釋數(shù)據(jù)庫(kù)的訪問(wèn),該數(shù)據(jù)庫(kù)使用來(lái)自RefSeq的轉(zhuǎn)錄本注釋,從而促進(jìn)甚至是最新穎的生物體的組裝和注釋。一旦從頭轉(zhuǎn)錄組組裝完成,我們會(huì)提供已識(shí)別轉(zhuǎn)錄本和新轉(zhuǎn)錄本的FASTA文件,這些文件經(jīng)過(guò)完整注釋,可用于下游分析,包括用作RNA測(cè)序分析的參考集。

宏基因組組裝

使用LasergeneGenomics 強(qiáng)大的算法將宏基因組序列數(shù)據(jù)與不同的參考數(shù)據(jù)集進(jìn)行比對(duì),或?qū)π滦蛄羞M(jìn)行聚類以進(jìn)行識(shí)別。

考慮到所涉及的數(shù)據(jù)量,以及識(shí)別變異、計(jì)算覆蓋度和去除宿主DNA通常需要的許多耗時(shí)步驟,有效組裝和分析宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)可能具有挑戰(zhàn)性。LasergeneGenomics 通過(guò)提供向?qū)?lái)引導(dǎo)您從頭到尾完成宏基因組組裝和宿主去除過(guò)程,從而簡(jiǎn)化了流程。我們的微生物組分析軟件可以輕松地將宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)與來(lái)自NCBI的數(shù)千個(gè)完整注釋細(xì)菌基因組或16srRNA 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)。SeqManNGen 中的強(qiáng)大算法以前所未有的速度執(zhí)行宏基因組組裝,讓您更快地從原始數(shù)據(jù)進(jìn)入分析階段。SeqManNGen 還能夠從頭進(jìn)行新序列的宏基因組組裝,或從HLA、抗體區(qū)域、病毒群體或線粒體群體中從頭組裝高度可變的序列。在宏基因組組裝過(guò)程中,系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)為您完成變異檢測(cè)和覆蓋度計(jì)算,因此組裝后,您就可以分析重疊群,并輕松識(shí)別微生物組中哪些細(xì)菌菌株最豐富。

RNA-Seq比對(duì)和分析

使用LasergeneGenomics 全面了解您的RNA-Seq數(shù)據(jù)。

RNA-seq是目前探索轉(zhuǎn)錄組的領(lǐng)先技術(shù)之一,這對(duì)連接基因組信息和其功能性蛋白質(zhì)表達(dá)至關(guān)重要。但事實(shí)證明,RNA-Seq數(shù)據(jù)分析對(duì)許多研究人員來(lái)說(shuō)是一個(gè)挑戰(zhàn),因?yàn)檫@一技術(shù)的應(yīng)用相當(dāng)廣泛。LasergeneGenomics可以快速、輕松地將任何規(guī)模的RNA-Seq或miRNA數(shù)據(jù)集--從細(xì)菌到人類--與參考基因組進(jìn)行比對(duì),然后對(duì)比對(duì)后的數(shù)據(jù)提供廣泛的分析,以便你可以深入探索。使用EdgeR或DESeq2進(jìn)行差異基因表達(dá)的統(tǒng)計(jì)分析,使用綜合過(guò)濾工具輕松識(shí)別感興趣的基因,利用基因本體識(shí)別具有已知生物功能的基因之間的關(guān)系,使用Sashimi圖輕松可視化和分析mRNA異構(gòu)體,查看測(cè)序數(shù)據(jù)中檢測(cè)到的變體,等等。當(dāng)我們開始RNA-Seq分析時(shí),我們并不總是知道我們?cè)趯ふ沂裁?。LasergeneGenomics使探索感興趣的點(diǎn)變得很容易,這樣你就能獲得數(shù)據(jù)集的全貌。

變異分析

用于變異識(shí)別和分析的自動(dòng)化軟件

DNA測(cè)序到遺傳變異解釋的過(guò)程可能漫長(zhǎng)而復(fù)雜。有了無(wú)數(shù)的軟件工具和管道,分析原始序列數(shù)據(jù)的變異可能需要掌握多達(dá)十幾個(gè)生物信息學(xué)應(yīng)用程序和在線數(shù)據(jù)庫(kù)。流程中的每個(gè)額外步驟都會(huì)影響結(jié)果的準(zhǔn)確性和完整性。

進(jìn)入LasergeneGenomics,這是一個(gè)完全集成的變異分析和注釋管道,具有直觀、易于使用的界面。LasergeneGenomics 及其變異注釋數(shù)據(jù)庫(kù)極大地簡(jiǎn)化了變異分析,使您無(wú)需生物信息學(xué)博士學(xué)位即可獲得準(zhǔn)確的答案。

使用LasergeneGenomics 準(zhǔn)確識(shí)別多個(gè)數(shù)據(jù)集之間的顯著變異

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LasergeneGenomics 是一個(gè)自動(dòng)化管道,可將您的讀數(shù)組裝到模板中,執(zhí)行變體調(diào)用,然后比較多個(gè)NGS或長(zhǎng)讀數(shù)據(jù)集的變體,所有這些都無(wú)需人工干預(yù)。

事實(shí)證明,我們的變體檢出工具比我們的商業(yè)和開源競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手更準(zhǔn)確,因此您可以放心,您可以信任結(jié)果。

通過(guò)強(qiáng)大的過(guò)濾工具、豐富的圖形視圖以及對(duì)大型變異數(shù)據(jù)庫(kù)(包括Mastermind、dbSNP、GERP、dbNSFP和1000Genomes Project)的集成訪問(wèn),輕松識(shí)別多個(gè)實(shí)驗(yàn)之間的顯著變異。LasergeneGenomics 甚至可以讓您輕松比較和分析來(lái)自其他NGS軟件流程的多個(gè)VCF文件,并使用我們的自定義基因組模板包中的信息對(duì)其進(jìn)行注釋,以進(jìn)行豐富的變異分析。

變異分析軟件功能

  • 用于裝配、變體調(diào)用和變體注釋的自動(dòng)化點(diǎn)擊式管道

  • 根據(jù)變異引起的每個(gè)基因的破壞程度進(jìn)行高級(jí)基因過(guò)濾

  • 使用文本過(guò)濾器、表格數(shù)據(jù)或圖形表示(包括維恩圖、散點(diǎn)圖和熱圖)比較變體組

  • 能夠在SeqManUltra 中查看特定變體或基因的讀取比對(duì),或在GenVisionPro 中同時(shí)查看所有數(shù)據(jù)集的裝配覆蓋率

病毒基因組分析

快速識(shí)別新的病毒株。

從原始病毒基因組測(cè)序數(shù)據(jù)到最終鑒定新病毒株可能是一個(gè)勞動(dòng)密集型過(guò)程。對(duì)于快速發(fā)展的病毒,快速分析數(shù)據(jù)的能力至關(guān)重要。我們的病毒基因組測(cè)序分析工作流程可用于 Sanger和NGS數(shù)據(jù),還包括對(duì)使用ARTIC網(wǎng)絡(luò)協(xié)議生成的PCR擴(kuò)增片段的全面支持。我們簡(jiǎn)化了這個(gè)有時(shí)很復(fù)雜的過(guò)程,以便您可以更快地進(jìn)入分析階段。首先在 SeqManUltra 中組裝病毒基因組測(cè)序數(shù)據(jù),以評(píng)估變異并為每個(gè)樣本生成共有序列,然后在MegAlignPro 中快速將大組基因組與已知菌株進(jìn)行比對(duì),以輕松識(shí)別和比較比對(duì)中的變異。

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全外顯子組/全基因組測(cè)序

LasergeneGenomics 承擔(dān)全基因組和全外顯子組測(cè)序分析的繁重工作,以便您可以專注于結(jié)果。

全外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)給許多面臨組裝和分析數(shù)據(jù)的研究人員帶來(lái)了挑戰(zhàn)。無(wú)論您使用的是全基因組、全外顯子組還是其他靶向測(cè)序數(shù)據(jù),所產(chǎn)生的大量信息都需要大量的數(shù)據(jù)處理和分析。LasergeneGenomics 使您能夠以無(wú)與倫比的輕松和速度將來(lái)自所有主要NGS平臺(tái)的重測(cè)序數(shù)據(jù)與參考序列進(jìn)行比對(duì)。全面的組裝后分析選項(xiàng)可以輕松識(shí)別和比較遺傳變異以及結(jié)構(gòu)和非編碼變異。先進(jìn)的基因過(guò)濾能夠確定變異對(duì)每個(gè)基因造成的破壞程度。LasergeneGenomics 的設(shè)計(jì)初衷就是處理大量數(shù)據(jù)-讓我們來(lái)完成繁重的工作,這樣您就可以專注于結(jié)果。

LasergeneGenomics 應(yīng)用程序

SeqManNGen

基因組序列組裝

SeqManNGen 使您能夠在短短幾分鐘內(nèi)建立復(fù)雜的基因組測(cè)序項(xiàng)目,然后以無(wú)與倫比的輕松和速度組裝NGS和長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序數(shù)據(jù)。

ArrayStar

基因表達(dá)和變異分析

ArrayStar的先進(jìn)過(guò)濾工具和豐富的可視化功能使您能夠輕松評(píng)估基因表達(dá),并識(shí)別多個(gè)樣本中的顯著變異。

SeqManUltra

序列組裝分析與編輯

SeqManUltra 提供組裝后分析工具,例如評(píng)估覆蓋范圍、分析比對(duì)背景下的變體以及重疊群編輯。

GenVisionPro

基因組可視化軟件

使用高度可定制的圖像可視化基因組測(cè)序結(jié)果,例如覆蓋度和峰值圖,這些圖像可以輕松導(dǎo)出以進(jìn)行協(xié)作或出版。

DNASTARCloud*

基于云的存儲(chǔ)和組件

DNASTARCloud Data Drive 提供NGS數(shù)據(jù)管理。DNASTARCloud Assemblies* 利用我們的云計(jì)算資源來(lái)對(duì)齊和組裝您的NGS數(shù)據(jù),從而釋放您的本地計(jì)算機(jī)來(lái)執(zhí)行其他操作。

對(duì)比DNASTARLasergene 軟件包

LasergeneMolecular Biology

LasergeneGenomics

LasergeneProtein

DNASTARLasergene

(最受歡迎)

包含的應(yīng)用程序

SeqBuilderPro

SeqManUltra

MegAlignPro

GeneQuest

GenVision

SeqNinja

SeqManNGen

ArrayStar

GenVisionPro

Protean3D

(每個(gè)Nova應(yīng)用程序+1預(yù)測(cè))

DNASTARNavigator


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原文標(biāo)題:DNASTAR Lasergene Genomics

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    EAK電阻負(fù)載(交流負(fù)載、虛擬負(fù)載、發(fā)電機(jī)負(fù)載、發(fā)電機(jī)測(cè)試負(fù)載)是一種可以模擬現(xiàn)實(shí)生活中的阻性負(fù)載的設(shè)備,為1kW至60MW的電源
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    淺談電阻負(fù)載<b class='flag-5'>組</b>

    基于薄膜鈮酸鋰的高性能集成光子學(xué)研究

    3月25日,Marko Lon?ar 博士出席光庫(kù)科技與 HyperLight 聯(lián)合主辦的“薄膜鈮酸鋰光子學(xué)技術(shù)與應(yīng)用”論壇,并發(fā)表了題為“基于薄膜鈮酸鋰的高性能集成光子學(xué)”的演講。
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    基于薄膜鈮酸鋰的高性能集成光子<b class='flag-5'>學(xué)</b><b class='flag-5'>研究</b>

    一種用于微液滴中單細(xì)胞無(wú)標(biāo)記分析的液滴篩選(LSDS)方法

    基于液滴的單細(xì)胞分析是一種非常強(qiáng)大的工具,可用于以單細(xì)胞分辨率研究表型和基因組異質(zhì)性,從而解決各種生物問(wèn)題。
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    一種<b class='flag-5'>用于</b>微液滴中單細(xì)胞無(wú)標(biāo)記分析的液滴篩選(LSDS)方法

    超微量分光光度計(jì)檢測(cè)方法研究

    超微量分光光度計(jì)目前成為現(xiàn)代分子生物實(shí)驗(yàn)室常規(guī)儀器,廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)室蛋白質(zhì)學(xué)基因組學(xué)等領(lǐng)域。
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    超微量分光光度計(jì)檢測(cè)方法<b class='flag-5'>研究</b>

    GERBER配置轉(zhuǎn)錄

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    高通量測(cè)序技術(shù)及原理介紹

    高通量測(cè)序技術(shù)是生物學(xué)領(lǐng)域中一種重要的分析工具,它可以快速、準(zhǔn)確地測(cè)定DNA序列或RNA序列。高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn),極大地促進(jìn)了基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄學(xué)
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    美國(guó)因美納與三諾生物傳感達(dá)成戰(zhàn)略合作,推進(jìn)芯片掃描儀國(guó)產(chǎn)化

    因美納與三諾生物傳感股份有限公司(“三諾”)正式達(dá)成戰(zhàn)略合作,雙方將以iScan高端芯片掃描儀國(guó)產(chǎn)化為起點(diǎn),利用雙方的技術(shù)優(yōu)勢(shì)與渠道資源,共同拓展基因組學(xué)在精準(zhǔn)健康管理的應(yīng)用。 據(jù)悉,本次合作旨在
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    美國(guó)因美納與三諾生物傳感達(dá)成戰(zhàn)略合作,推進(jìn)芯片掃描儀國(guó)產(chǎn)化
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