頻譜分析儀作為一種專業的測量儀器，雖然具有許多優點，但也存在一些缺點，主要包括以下幾個方面：

主要適用于穩態信號測量：傳統的頻譜分析儀更適用于測量穩態信號，對于瞬態事件的測量可能不夠準確或有效。這是因為頻譜分析儀的工作原理主要基于頻率分析，對于時域內的快速變化可能無法完全捕捉。

缺乏相位信息：頻譜分析儀通常只能測量信號的幅度信息，而無法提供相位信息。這使得它在某些需要相位信息的應用中可能無法滿足需求。

需要多種低頻帶通濾波器：為了獲得準確的測量結果，頻譜分析儀需要使用多種低頻帶通濾波器。這不僅增加了設備的復雜性和成本，還可能影響測量速度。

實時性相對較差：由于頻譜分析儀需要花費較長的時間進行信號分析，因此它被視為非實時儀器。在某些需要快速響應的應用中，這可能會成為其缺點。

體積和重量較大：傳統的臺式頻譜分析儀通常具有較大的體積和重量，不便于攜帶和移動使用。這對于需要在現場進行快速測量的應用來說可能是一個挑戰。

價格較高：由于頻譜分析儀具有高精度、高靈敏度和寬頻段覆蓋等優點，其價格通常較高。這使得一些預算有限的用戶可能無法承擔其成本。

需要注意的是，雖然頻譜分析儀存在這些缺點，但在許多領域中它仍然是不可或缺的測量工具。隨著技術的不斷發展，現代頻譜分析儀已經在許多方面得到了改進和優化，例如提高了實時性、減小了體積和重量、增加了相位測量功能等。因此，在選擇頻譜分析儀時需要根據具體的應用需求進行綜合考慮。