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首個鯤鵬農業科研高性能計算平臺助力基因育種與多組學分析能力提升

華為數字中國 ? 來源:華為數字中國 ? 2024-12-28 15:09 ? 次閱讀

在全球科技競爭日益激烈的今天,推動前沿生物技術的創新應用成為國家科技發展的核心任務之一。作為中國農業科研領域的重要機構,中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所(以下簡稱牧醫所)以其深厚的科研實力和強大的技術積淀,以“服務行業,服務政府,服務社會”為己任,為我國“三農”事業發展作出了重要貢獻。

隨著人工智能大模型、物聯網、大數據等技術的深入應用,科學研究更加依賴于算力、存力等基礎施的先進性。2024年9月20日,中國農業科學院與華為簽署戰略合作協議,共同推進農業科學研究。通過構建高性能計算平臺,為基因組育種、多組學分析等前沿生物技術應用提供支撐。

新時代科研創新對數據基礎設施

提出了更高的要求

隨著基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學等多組學分析技術的迅速發展,農業領域對數據處理和計算能力的需求也在急劇增長。牧醫所作為國內農業科學研究的重鎮,堅持“四個面向”,建設“兩個一流”,引領我國畜牧科技跨越發展,為實現畜牧業現代化提供科技支撐。然而,在日常科研工作中,科研人員面臨著以下幾個主要問題:

大規模數據分析任務對大算力需求陡增

基因組數據和多組學數據的生成速度和數據量極為龐大,傳統的計算資源和技術難以滿足如此高強度的數據處理和分析需求。科研項目復雜度的提升使得對計算能力的需求呈指數級增長,而現有的計算資源無法高效支撐如此大規模的分析任務,導致科研效率和成果轉化速度受限。如:基因關聯分析的場景,傳統的方式采用串行的方式,一個算法運行完之后才能運行下一個算法,分析時間長,另外隨著數據量暴漲、算法的復雜度的提升,對算力的性能要求也越來越高,傳統的算力已無法滿足需求。

多樣化科研需求需要靈活高效的異構計算能力支撐

牧醫所主要的科研方向涉及多個領域,包括動物遺傳育種、動物生物技術與繁殖、動物營養與飼料等。這些領域的研究需要多種計算方式的綜合應用,涵蓋從大規模數據存儲、實時計算到復雜的模型仿真等多層次、多維度的需求。如何靈活調度和高效利用異構計算資源成為一大挑戰。

高效管理、分析并共享海量數據

大量的實驗數據需要被有效存儲、處理和共享。在數據治理方面,傳統的管理方式往往難以保障數據的完整性和安全性,也影響了跨團隊、跨學科的協作效率。如何高效管理、分析并共享這些海量數據,成為提升科研效率的關鍵。

鯤鵬高性能計算平臺迎接挑戰

針對牧醫所在高性能計算方面面臨的挑戰,華為提供了基于鯤鵬的高性能計算平臺及解決方案,包括:應用優化、管理調度、基礎軟件、基礎硬件能力,幫助牧醫所實現了從計算資源到數據管理的全面升級。

華為高性能計算解決方案架構

鯤鵬+昇騰

構建高效的計算平臺

華為的高性能計算平臺基于自有的昇騰AI計算芯片,結合鯤鵬服務器和全棧存儲解決方案,為科研團隊提供了強大的計算能力。昇騰AI芯片專為AI和大數據計算設計,能夠處理復雜的生物學計算任務,如基因組序列比對、多組學數據分析等。鯤鵬服務器則提供了極高的并行計算能力,能夠支持大規模的科學計算和高性能數據處理。

湖倉一體,實現數據的高效存儲與治理

華為結合其云計算和大數據技術,幫助牧醫所搭建了統一的科研數據平臺。該平臺能夠支持大數據的存儲、治理與分析,通過數據湖和數據倉庫的深度整合,實現了數據的全生命周期管理。數據治理平臺通過智能化的數據清洗、轉換和分析技術,提高了數據的準確性和利用效率,為科研人員提供了更為精準的數據支持。

多瑙管理平臺,實現智能調度與計算資源靈活應用

在科研項目中,不同的科研需求需要使用不同類型的計算資源。華為高性能計算平臺能夠根據具體需求,靈活調度計算資源,優化計算任務的執行路徑,不僅大幅提升了計算效率,還降低了資源浪費,實現了計算能力的最大化利用。

多瑙管理平臺

科技賦能

助力農業提質增效

農業科研軟件鯤鵬遷移適配后,性能提升明顯

農業科研運行軟件過去以X86架構為主,2023年開始,華為與牧醫所科研團隊進行了深入溝通,在對科研一線的具體現狀做了充分了解后,依托北京鯤鵬創新中心,陸續為農科院開展生信軟件適配工作,目前已適配了如:stringtie、subread、htslib、Salmom、BWA、hisat2、R、python、plink、STAR、fastp、anaconda、bcftools、gatk、gffread、vcftools、Rstudio、souporcell、GCTA、aspera、DecodeGenetics、busco等數十款軟件,為農業科研在自主創新路線上奠定了基礎,從可用到好用實現了飛躍。

加快基因育種,為畜禽新品種研發提速

基因育種是提高養殖效率、畜產品品質和抗病力的關鍵技術之一。傳統的基因育種研究依賴大量的實驗數據和計算分析,尤其是在基因組分析方面、計算能力至關重要。借助華為高性能計算平臺,牧醫所能夠高效處理海量基因組數據,加速了畜禽新品種培育的研發過程。同時,平臺強大的計算能力還幫助科研人員通過更精確的基因編輯技術,實現了更加精準的育種目標。經測試,在鯤鵬服務器(2.6GHz)與X86架構服務器(2.6GHz)兩種技術路線下,并且在軟件、流程、線程數均保持一致的條件下,鯤鵬服務器能提升明顯(11%-258%),平均提升60%以上。通過與華為的合作,牧醫所在多個研究領域實現了重要突破,特別是在基因育種和多組學分析方面,取得了顯著的成果。

大規模、多維度數據分析能力,支撐多組學分析深入開展

多組學分析通過對基因組學、轉錄組學、蛋白質組學等數據整合研究,能夠為農業研究提供更為全面的視角,推動精準農業的發展。華為高性能計算平臺為牧醫所提供了支持大規模、多維度數據分析的能力,大幅提升了多組學數據的處理速度和準確度。科研人員能夠在更短的時間內獲得更為全面的科研結果,為動物遺傳資源與育種、動物生物技術與繁殖等提供了更有力的支持。

跨學科協作的促進

由于農業科研涉及多個學科領域,跨學科的協作變得至關重要。華為高性能計算平臺通過提供高效的數據共享和分析環境,打破了原有的學科壁壘,促進了各科研團隊之間的合作。無論是在基因組學、農業生態學,還是在氣候變化研究等領域,科研人員都能夠實現數據的實時共享和互通,有效地提升了研究的協同效率。

推動農業科技創新和數字化轉型

華為與牧醫所的合作,不僅解決了農業科研中的計算和數據管理難題,還推動了中國農業科技的數字化轉型和智能化升級。

提升科研效率與創新能力

華為高性能計算平臺的引入,提升了牧醫所科研的效率與創新能力。科研人員能夠更加專注于科學探索,減少了因計算和數據處理帶來的時間成本。隨著計算技術的進一步發展,未來更多的農業科研將依托先進的技術手段實現更快速、更精準的突破。

科技創新與自立自強

隨著數據分析和計算能力的提升,精準農業和智能化決策在農業科研和生產中的應用前景廣闊;動物遺傳與育種、動物生物技術與繁殖、動物營養與飼料等領域的研究與管理將更加高效,推動了農業現代化的進程,有助于加快實現高水平農業科技自立自強,推動農業領域的科技創新。

為全球農業科技提供示范

牧醫所作為國家級社會公益性畜牧獸醫綜合科技創新研究機構,華為作為全球高科技企業的典范,雙方的合作將展現中國在農業科技領域的創新實力,共同引領中國農業科技創新范式轉型,智慧賦能中國農業農村現代化建設。

未來,隨著技術的不斷進步與合作的深入,華為與牧醫所將在推動農業科技自立自強、實現數字農業轉型等方面繼續邁出堅實步伐,為全球農業可持續發展作出更大貢獻。

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原文標題:首個鯤鵬農業科研高性能計算平臺上線應用,助力基因育種與多組學分析能力提升

文章出處:【微信號:HWS_yunfuwu,微信公眾號:華為數字中國】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。

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