在上一篇文章中，我們介紹了機(jī)器學(xué)習(xí)的關(guān)鍵概念術(shù)語(yǔ)。在本文中，我們會(huì)介紹傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)的基礎(chǔ)知識(shí)和多種算法特征，供各位老師選擇。

01

傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)

傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)，一般指不基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的算法，適合用于開(kāi)發(fā)生物學(xué)數(shù)據(jù)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法。盡管深度學(xué)習(xí)（一般指神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法）是一個(gè)強(qiáng)大的工具，目前也非常流行，但它的應(yīng)用領(lǐng)域仍然有限。與深度學(xué)習(xí)相比，傳統(tǒng)方法在給定問(wèn)題上的開(kāi)發(fā)和測(cè)試速度更快。開(kāi)發(fā)深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的架構(gòu)并進(jìn)行訓(xùn)練是一項(xiàng)耗時(shí)且計(jì)算成本高昂的任務(wù)，而傳統(tǒng)的支持向量機(jī)（SVM）和隨機(jī)森林等模型則相對(duì)簡(jiǎn)單。此外，在深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中估計(jì)特征重要性（即每個(gè)特征對(duì)預(yù)測(cè)的貢獻(xiàn)程度）或模型預(yù)測(cè)的置信度仍然不是一件容易的事。即使使用深度學(xué)習(xí)模型，通常仍應(yīng)訓(xùn)練一個(gè)傳統(tǒng)方法，與基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的模型進(jìn)行比較。

傳統(tǒng)方法通常期望數(shù)據(jù)集中的每個(gè)樣本具有相同數(shù)量的特征，但是生物學(xué)檢測(cè)數(shù)據(jù)很難滿足這個(gè)需求。舉例說(shuō)明，當(dāng)使用蛋白質(zhì)、RNA的表達(dá)水平矩陣時(shí)，每個(gè)樣本表達(dá)的蛋白質(zhì)、RNA數(shù)量不同。為了使用傳統(tǒng)方法處理這些數(shù)據(jù)，可以通過(guò)簡(jiǎn)單的技術(shù)（如填充和窗口化）將數(shù)據(jù)調(diào)整為相同的大小。“填充”意味著將每個(gè)樣本添加額外的零值，直到它與數(shù)據(jù)集中最大的樣本大小相同。相比之下，窗口化將每個(gè)樣本縮短到給定的大小（例如，使用在所有樣品中均表達(dá)的蛋白質(zhì)、RNA）。

表1. 傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)方法比較

02

回歸模型

對(duì)于回歸問(wèn)題，嶺回歸（帶有正則化項(xiàng)的線性回歸）通常是開(kāi)發(fā)模型的良好起點(diǎn)。因?yàn)樗梢詾榻o定任務(wù)提供快速且易于理解的基準(zhǔn)。當(dāng)希望減少模型依賴的特征數(shù)時(shí)，比如篩選生物標(biāo)志物研究時(shí)，其他線性回歸變體如LASSO回歸和彈性網(wǎng)絡(luò)回歸也是值得考慮的。數(shù)據(jù)中特征之間的關(guān)系通常是非線性的，因此在這種情況下使用如支持向量機(jī)（SVM）的模型通常是更合適的選擇。SVM是一種強(qiáng)大的回歸和分類模型，它使用核函數(shù)將不可分的問(wèn)題轉(zhuǎn)換為更容易解決的可分問(wèn)題。根據(jù)使用的核函數(shù)，SVM可以用于線性回歸和非線性回歸。一個(gè)開(kāi)發(fā)模型的好方法是訓(xùn)練一個(gè)線性SVM和一個(gè)帶有徑向基函數(shù)核的SVM（一種通用的非線性SVM），以量化非線性模型是否能帶來(lái)任何增益。非線性方法可以提供更強(qiáng)大的模型，但代價(jià)是難以解釋哪些特征在影響模型。

03

分類模型

許多常用的回歸模型也用于分類。對(duì)于分類任務(wù)，訓(xùn)練一個(gè)線性SVM和一個(gè)帶有徑向基函數(shù)核的SVM也是一個(gè)好的默認(rèn)起點(diǎn)。另一種可以嘗試的方法是k近鄰分類（KNN）。作為最簡(jiǎn)單的分類方法之一，KNN提供了與其他更復(fù)雜的模型（如SVM）進(jìn)行比較的有用基線性能指標(biāo)。另一類強(qiáng)大的非線性方法是基于集成的模型，如隨機(jī)森林和XGBoost。這兩種方法都是強(qiáng)大的非線性模型，具有提供特征重要性估計(jì)和通常需要最少超參數(shù)調(diào)優(yōu)的優(yōu)點(diǎn)。由于特征重要性值的分配和決策樹(shù)結(jié)構(gòu)，這些模型可分析哪些特征對(duì)預(yù)測(cè)貢獻(xiàn)最大，這對(duì)于生物學(xué)理解至關(guān)重要。

無(wú)論是分類還是回歸，許多可用的模型都有令人眼花繚亂的變體。試圖預(yù)測(cè)特定方法是否適合特定問(wèn)題可能會(huì)有誤導(dǎo)性，因此采取經(jīng)驗(yàn)性的試錯(cuò)方法來(lái)找到最佳模型是明智的選擇。選擇最佳方法的一個(gè)好策略是訓(xùn)練和優(yōu)化上述多種方法，并選擇在驗(yàn)證集上表現(xiàn)最好的模型，最后再在獨(dú)立的測(cè)試集上比較它們的性能。

04

聚類模型和降維

聚類算法在生物學(xué)中廣泛應(yīng)用。k-means是一種強(qiáng)大的通用聚類方法，像許多其他聚類算法一樣，需要將聚類的數(shù)量設(shè)置為超參數(shù)。DBSCAN是一種替代方法，不需要預(yù)先定義聚類的數(shù)量，但需要設(shè)置其他超參數(shù)。在聚類之前進(jìn)行降維也可以提高具有大量特征的數(shù)據(jù)集的性能。

降維技術(shù)用于將具有大量屬性（或維度）的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為低維形式，同時(shí)盡可能保留數(shù)據(jù)點(diǎn)之間的不同關(guān)系。例如，相似的數(shù)據(jù)點(diǎn)（如兩個(gè)同源蛋白序列）在低維形式中也應(yīng)保持相似，而不相似的數(shù)據(jù)點(diǎn)（如不相關(guān)的蛋白序列）應(yīng)保持不相似。通常選擇兩維或三維，以便在坐標(biāo)軸上可視化數(shù)據(jù)，盡管在機(jī)器學(xué)習(xí)中使用更多維度也有其用途。這些技術(shù)包括數(shù)據(jù)的線性和非線性變換。生物學(xué)中常見(jiàn)的例子包括主成分分析（PCA）、均勻流形逼近和投影（UMAP）以及t分布隨機(jī)鄰域嵌入（t-SNE）。

圖1. 各種傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)模型

本文詳細(xì)介紹了傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)方法和應(yīng)用指導(dǎo)，下一篇文章將介紹深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法模型，敬請(qǐng)期待。