I/O Address Space的空間很有限（64KB），所以一般在I/O Space中都有兩個寄存器，第一個指向要操作的內部地址，第二個存放讀或者寫的數據。因此，對于PCI的配置周期來說，包含了兩個步驟：

Step1:CPU先對IO Address中的0xCF8~0xCFB寫入要操作的配置寄存器的地址。如下圖所示，其中包括了總線號（Bus Number）、設備號（Device Number）、功能號（Function Number）和寄存器指針。

Step2:CPU向IO Address中的0xCFC~0xCFF中寫入讀或者寫的數據。

前面介紹過，每一個PCI功能（Function）都包含256個字節的配置空間（Configuration Space），其中前64個字節被稱為Header，剩余的192個字節用于一些可選的功能。PCI Spec規定了兩種類型的Header：Type1 和Type0。其中，Type1 Header表示該PCI設備功能為橋（Brige），而Type0 Header則表示該PCI設備功能不是橋。兩種Header的結構圖分別如下所示：

注：因為PCIe完整的繼承了PCI Header相關的內容，所以關于Header的詳細介紹和操作會放在后面關于PCIe的介紹中。