PCIe總線自V2.0加入了功能層復位（Function Level Reset，FLR）的功能。該功能主要針對的是支持多個功能的PCIe設備（Multi-Fun PCIe Device），可以實現只對特定的Function復位，而其他的Function不受影響。當然，該功能是可選的，并非強制的，軟件可以通過查詢配置空間中的設備功能寄存器（Device Capability Register）來查詢該PCIe設備是否支持FLR。如下圖所示：

并可以通過設備控制寄存器（Device Control Register）中的將Initiate Function Level Reset bit置1，來產生FLR。

FLR只復位對應Function的內部狀態和寄存器（使其暫時不變化，Making it quiescent），但是并不影響Sticky bits、有硬件初始化的值（Hardware-initialized bits）和鏈路專用寄存器（比如Captured Power，ASPM Control、Max Payload Size以及VC等寄存器）。如果該設備在FLR前，發出了Assert INTx中斷消息，必須在開始FLR之前在發出對應的Deassert INTx消息，除非該INTx已經被與其他Function共享了。當收到FLR后，該Function的所有的其他功能都應被立即停止（Required to cease）。

此外，PCIe Spec還明確給出了FLR的完成時間應在100ms以內。

PCIe Spec還明確規定了，當某個Function處于FLR狀態時的一些特性：

· 該Function不能有任何與外界通信的（外部）接口；

· 該Function必須將任何軟件可讀取的狀態（可能包括加密信息等）打亂。換句話說，任何內部存儲都必須被清零或者隨機化；

· 該Function必須可以被另一個Diver配置為一般模式；

· 該Function必須為其收到的包含有FLR信息的配置寫（Configuration Write）返回一個Completion，然后再進行FLR操作。

在進入FLR狀態后，還需要：

· 該Function接收到的任何請求都應該被直接丟棄，且不登記（Logging），也不報錯誤。但是FC Credits必須要被更新，以維持鏈路的正常操作；

· 該Function接收到的任何Completion都應該被當做Unexpected Completions，然后直接丟棄，且不登記，也不報錯。