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為核心時代重塑核心基因組學軟件工具

英特爾 Altera視頻 ? 2018-09-18 10:18 ? 次閱讀

概述了與英特爾工程師多年合作以改進Bowtie和Bowtie 2(以及另一個稱為HISAT的相關工具)以有效利用現代Intel CPU上的所有處理器核心的結果。包括在英特爾?Xeon?和英特爾?XeonφΦPhi?處理器上運行我們改進的代碼的結果。演講者描述了對代碼進行的一系列改進,包括集成IntelThreading Building Blocks庫,使用更適合NUMA系統的互斥實現,以及完全了解NUMA的新穎的“隊列鎖”互斥實現。所有這些都導致了在測試系統上的線程縮放的改進。還描述了一系列結果,說明如何優化代碼中的關鍵關鍵部分導致進一步的改進。這些結果得益于英特爾工具(如IntelInspector和IntelVTune}Ampli.)的戰略使用,為其他基因組學軟件工具提供了指南,供尋求類似地調整其軟件以更好地利用現代多核系統的作者參考。

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