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發(fā)視頻如何使用生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)motif實(shí)現(xiàn)并行算法詳細(xì)資料說明
2019-11-29 |
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生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)motif發(fā)現(xiàn)是一種研究生物網(wǎng)絡(luò)的重要方法，它基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的理論研究，以新的視角來研究生命現(xiàn)象和生命機(jī)制，但是在處理較大的網(wǎng)絡(luò)規(guī)模或者需挖掘較大的motif時(shí)計(jì)算效率低。針對這個(gè)問題，在現(xiàn)有串行網(wǎng)絡(luò)motif發(fā)現(xiàn)算法ESU的基礎(chǔ)上，提出一種基于消息傳遞接口（MPI）的并行化ESU算法。該方法在ESU計(jì)算過程中優(yōu)化了節(jié)點(diǎn)值以解決節(jié)點(diǎn)值依賴問題，并以ESU算法的子圖發(fā)現(xiàn)策略統(tǒng)計(jì)各節(jié)點(diǎn)子圖數(shù)，利用動(dòng)態(tài)規(guī)劃策略尋找最佳節(jié)點(diǎn)分配策略以解決負(fù)載不均衡問題。模擬網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)和真實(shí)生物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，并行化ESU算法優(yōu)化了節(jié)點(diǎn)值依賴問題，實(shí)現(xiàn)了基于動(dòng)態(tài)規(guī)劃的負(fù)載均衡策略，其運(yùn)行時(shí)間比串行算法縮短了90%，并且該并行算法對不同類型不同規(guī)模的網(wǎng)絡(luò)都具有較強(qiáng)的適用性，有效地提高了網(wǎng)絡(luò)motif發(fā)現(xiàn)問題的計(jì)算效率。
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