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鑒于網絡醫學中尚未有對疾病分類與功能蛋白模塊功能同質性分析之間關系的研究，展開以下研究工作：首先，利用Mesh、String9等數據庫中的數據構建了基因關系網絡；其次，采用基于優化模塊度的模塊劃分方法（如BCLL、非負矩陣分解（NMF）等聚類算法）對基因關系網絡進行了劃分；再次，對劃分出來的模塊進行了GO富集分析，通過對高致病拓撲模塊和低致病拓撲模塊的CO富集分析的比較，發現了疾病分類和蛋白模塊功能特性在生物過程、細胞組分、分子功能等方面存在重要的生物學提示；最后，分析了疾病分類的拓撲模塊的功能特性，通過對網絡拓撲性質如平均度、密度、平均最短路徑長度等方面的分析得到了各模塊的功能特點數據，進一步揭示了疾病分類和功能模塊之間的相關關系。
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